Certaines zones humides sont protégées par des arrêtés préfectoraux de protection de biotope.
Le marais de l'Enfer et les roselières font partie des 5 sites de la cluse du lac d'Annecy, désignée comme site d'intérêt communautaire au titre de Natura 2000.
Le réseau Natura 2000, réseau écologique européen, vise à préserver les espèces et les habitats menacés et/ou remarquables sur le territoire européen, dans un cadre global de développement durable et s’inscrit pleinement dans l’objectif 2010 "Arrêt de la perte de la Biodiversité " Ce dispositif ambitieux doit permettre de protéger un "échantillon représentatif des habitats et des espèces les plus menacées en Europe ", en le faisant coexister de façon équilibrée avec les activités humaines.
A Saint-Jorioz, seul un site est proposé éligible comme Site d’Intérêt Communautaire : il est répertorié sous la référence FR8201720 – Cluse du Lac d’Annecy, couvrant 281 hectares, entre 446 et 643 mètres d’altitude.
Le marais de Saint-Jorioz (23 hectares) est protégé par un arrêté de biotope (n° 99 du 30.09.1991) en raison de l'importance de son rôle écologique. Au même titre que le marais de l'Enfer, les roselières (8 hectares), situées sur les rives nord-est, sont protégées par deux arrêtés de biotope (n° 88 du 19.09.1990 et n° 100 du 01.10.1991).
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Les zones humides sont des zones utiles à l'homme et au milieu naturel : elles jouent un rôle essentiel dans la régulation des eaux (épanchement des crues, soutien d'étiage, relations nappes - milieux superficiels, ...), participent à l'autoépuration des milieux et constituent un réservoir de biodiversité.
Le Schéma Directeur d'Aménagement et de Gestion des Eaux (SDAGE) du bassin Rhône Méditerranée rappelle la nécessité de préserver ces espaces pour atteindre l'objectif de bon état des masses d'eau.
Dans ce cadre, le Contrat de Bassin du Fier et du Lac d'Annecy prévoit l'élaboration d'une stratégie et de restauration des zones humides.
L'inventaire départemental des zones humides réalisé entre 1995 et 2000 constitue une base de connaissances indispensable à toute action de restauration et de préservation de ces milieux. Il présente la localisation des zones humides et fournit des informations sur leur fonctionnement et leur état de conservation.
Cependant, cet inventaire n'est pas suffisant pour élaborer une stratégie cohérente à l'échelle du territoire. Des compléments et une mise à jour sont nécessaires pour homogénéiser les connaissances, dans une perspective opérationnelle de restauration des milieux humides.
Avec le soutien du Conseil Général de Haute-Savoie et de la Région Rhône-Alpes, Asters (Conservatoire des espaces naturels de Haute-Savoie) va réaliser cette actualisation tout au long de l'année 2012 sur le bassin versant du Fier et du Lac d'Annecy.
Cette étude est encadrée par un comité de suivi qui associe les Communautés de Communes au travers du Comité de Bassin Fier et Lac d'Annecy. Au terme de l'étude, des réunions d'informations seront programmées.